プログラムファイルとテンプレートファイルの位置関係

開発してると、プログラムファイルとテンプレートファイルは別々になってる。プログラマーはプログラムファイルをいじる。デザイナー（マークアッパー）はテンプレートファイルをいじる。

で、以下の２パターンがあるとする。

(1)

root/
  + appl/
    + programA
    + programB
    + programC
  + templates/
    + templateA
    + templateB
    + templateC

(2)

root/
  + A/
    + program
    + template
  + B/
    + program
    + template
  + C/
    + program
    + template

一概にどちらがよいとは思わないけど、個人的には前者が使い慣れてて見慣れてる。しかし使用しているフレームワークや会社内のあれやこれやによっては後者の形になるところもある。

どちらにするかの決め手って何？